José Antonio fue el único de los once hijos que nació en México, por razones de salud de su madre, lo cual fue providencial, pues gracias a ello la Santísima Virgen de Guadalupe vio nacer muy cerca de ella a este niño que, con el tiempo, sería gran promotor del guadalupanismo. Estudió la Primaria en Guadalajara y Morelia, con tanto éxito que a la edad de once años presentó examen público frente a selectos sinodales, obteniendo mención honorífica. 

Sus estudios los continuó en el Seminario Tridentino de Morelia. En 1856 fué enviado por su familia a Europa a continuar sus estudios académicos. Fue ahí en Santa María de Oscott en Inglaterra donde sintió su vocación al sacerdocio y se trasladó a Roma a realizar sus estudios eclesiásticos.